De pelagische sector richt zich op de vissoorten die zich in de waterkolom (het pelagiaal) bevinden, zoals haring, makreel, sprot en blauwe wijting. De Nederlandse pelagische sector bestaat uit een relatief klein aantal grote schepen die internationaal opereren, bijv. visserij bij Mauritanië door Nederlandse schepen.
De omvang en ontwikkeling van de pelagische visbestanden wordt door IMARES onderzocht. Deze bestandsgegevens zijn belangrijk voor het vaststellen van vangstadviezen. IMARES beperkt zich hierbij niet alleen tot de Noord-Atlantische wateren, maar volgt ook de sector als zij haar activiteiten naar het buitenland verplaatst. Zo voert IMARES al jaren onderzoek uit naar de sardinella-visserij voor Mauritanië, in opdracht van de ministeries van LNV en Buitenlandse zaken.
De laatste jaren gaat het relatief goed met veel pelagische visbestanden, terwijl de bestanden van bodemvissen (de demersale visbestanden, waaronder bijvoorbeeld schol, tong en kabeljauw) er slecht voorstaan. De haringstand bevindt zich bijvoorbeeld op een historisch hoog niveau. Toch worden er niet veel nieuwe jonge haringen in zee aangetroffen. De oorzaken zijn niet bekend; IMARES doet onderzoek naar mogelijke effecten van klimaatverandering.