• IMARES levert kennis die nodig is voor het duurzaam beschermen, oogsten en ruimtegebruik van zee- en zilte kustgebieden. (Marine Living Resource Management). 
• IMARES is daarin de kennispartner voor overheden, bedrijfsleven en maatschappelijke organisaties voor wie marine living resources van belang zijn. 
• IMARES doet daarvoor strategisch en toegepast ecologisch onderzoek in perspectief van ecologische en economische ontwikkelingen.

De positionering van IMARES:

• het instituut in Nederland voor strategisch en toegepast wetenschappelijk onderzoek naar mariene ecosystemen t.b.v. duurzaam beheer, gebruik en exploitatie van kust en zee (“marine living resource management”)
• een onafhankelijk, objectief en gezaghebbend instituut dat een oordeel kan geven over alle ecologische en daarmee verband houdende aspecten van het beheer, gebruik en exploitatie van de zee voor zowel de overheid als het bedrijfsleven
• een internationaal gerespecteerd wetenschappelijk instituut met een gevestigde positie op het gebied van marien ecologisch onderzoek in de Europese kennisinfrastructuur. Dit op basis van een krachtige positie in Nederland en mede dankzij goede internationale contacten

Ecologische basiskennis wordt, met steun van hulpwetenschappen vanuit Wageningen UR en TNO, vertaald naar toegepast en strategisch wetenschappelijk onderzoek op 4 gebieden: Aquacultuur, Ecologie, Milieu, Visserij.

IMARES richt zich primair op de Noordzee, het Waddengebied en het Zeeuwse deltagebied. Maar daarnaast ook op Delta- en kustgebieden over de gehele wereld. Daar waar IMARES unieke kennis of faciliteiten bezit richt zij zich ook op zoetwater systemen.

Samenwerken met IMARES
IMARES is een contractresearch-organisatie die werkt voor een diversiteit aan opdrachtgevers. De activiteiten bestaan uit het doen van onderzoek, advisering/consultancy en het uitvoeren van testwerkzaamheden.
Om wettelijke taken specifiek voor visserijonderzoek, onafhankelijk van contractresearch, te kunnen uitvoeren is een aparte eenheid opgericht binnen IMARES: CVO (Centrum voor Visserij Onderzoek).